故事发生在距现在不远的未来，世界各地不断有“异生兽”作乱的报告为了暗中解决这个问题，人类成立了世界性的防卫组织TLT。他的日本支部被称为TLT-J。而TLT-J的下属组织就是夜袭队NR（Night Raider）。他们的任务就是秘密的消灭异生兽。新的异生兽突然出现在拥有骄人战绩的夜袭队面前，他们陷入了苦战。这时，光之巨人奈克瑟斯奥特曼登场了，奈克瑟斯奥特曼的适能者姫矢准也出现了。奈克瑟斯利用相位的褶曲，制造出属于自己的战斗空间“美塔领域”。他在巨大化后，将异生兽拉到这个空间内进行战斗。而且，TLT的特殊飞行器合体后也可以进入这个空间，与奈克瑟斯一起作战。《深海大鱼》是部设定相当疯狂的动画片，观众可从中观察到现实的真实生活也可看到不忘初心的那份勇敢。《深海大鱼》完美的诠释了人该如何面对自我，营造了一个乌托邦式的社会，这部动画是导演最为出色的佳作。故事简单但打动人心，传递着最为真挚的情感，《深海大鱼》有着对爱的探讨，生活中的每一个瞬间，对我们来说，那都是一种成长。快乐是很简单的，快乐就是要有目标有追求;保持一颗纯真的童心;发自内心的微笑;懂得去宽容他人。无论在生命中是会遭遇有多少的困苦、艰难和波折，我们都是要保持淡然的心态。。侧面反映出了现代人对单纯、美好事物的渴求。