故事讲述了当Alex、Marty、Gloria和Melman几位主角还在非洲悠闲度日的时候，以Skier为首的四只企鹅已经回到了纽约中央动物园，并且大权在握与此同时他们还要执行各种秘密任务，因此时不时地他们就要从动物园逃出来。《马达加斯加的企鹅第1季》故事主线非常新颖，动漫以重返童真为核心，整体充满了穿越去往未来的科幻，配音简直是整部动漫的神来之笔，影片的设计多次利用镜头重叠的手法。画风让人惊艳，角色设计形象，精致，逼真，剧情看起来完全不幼稚或者沉闷，特效近乎完美，是一部使思想性和艺术性得到充分展示的动画片。